TaxonDC

TaxonDC (Taxon Distance Calculator) – программа для подсчета уровней сходства генов 16S рРНК прокариот или области ITS грибов. Начиная с версии 1.3 возможно рассчитывать процент идентичности для любых белковых последовательностей.

Cкачать TaxonDC 1.3.1 Beta (06.08.2019):

Платформа Тип Размер Ссылка SHA256
Windows 32-bit x86 Binary archive (zip) ~10 MB Cкачать Показать
Linux 64-bit x86 Binary archive (tar.gz) ~15 MB Cкачать Показать

Важные примечания

  1. В начале 2019 года на сайте EzBioCloud был изменен алгоритм выравнивания последовательностей генов 16S рРНК в инструменте идентификации микроорганизмов. Поэтому значения, полученные с использованием EzBioCloud и TaxonDC, иногда могут не совпадать. На данный момент нам не известны детали нового алгоритма выравнивания.
  2. В базе данных EzBioCloud некоторые последовательности обрезаны по концам. Поэтому последовательности генов 16S рРНК, извлеченные из EzBioCloud, могут быть короче, чем из базы данных GenBank.
  3. В базе данных EzBioCloud в некоторых случаях представлены последовательности генов 16S рРНК, извлеченные из геномных сборок, а не оригинальные последовательности, полученные методом Сэнгера. Они не всегда могут быть одинаковыми.
  4. TaxonDC проверяет наличие обновлений при каждом запуске.

Как использовать

Загрузите соответствующий архив, распакуйте, запустите TaxonDC.

Программа тестировалась на Windows XP, Windows 7 (32/64 бит), Windows 10 (64 бит), openSUSE 15.0, Ubuntu 16.04, Ubuntu 18.04. Ваши вопросы и предложения присылайте на почту sergey@tarlachkov.ru.

Цитирование программы

Tarlachkov S.V., Starodumova I.P. (2017) TaxonDC: calculating the similarity value of the 16S rRNA gene sequences of prokaryotes or ITS regions of fungi. Journal of Bioinformatics and Genomics (JBG). 3(5). DOI:10.18454/jbg.2017.3.5.1

Скриншоты