TaxonDC
TaxonDC (Taxon Distance Calculator) – программа для подсчета уровней сходства генов 16S рРНК прокариот или области ITS грибов. Начиная с версии 1.3 возможно рассчитывать процент идентичности для любых белковых последовательностей.
Cкачать TaxonDC 1.3.1 Beta (06.08.2019):
| Платформа | Тип | Размер | Ссылка | SHA256 |
|---|---|---|---|---|
 Windows 32-bit x86 | Binary archive (zip) | ~10 MB | Cкачать | Показать |
 Linux 64-bit x86 | Binary archive (tar.gz) | ~15 MB | Cкачать | Показать |
Важные примечания
- В начале 2019 года на сайте EzBioCloud был изменен алгоритм выравнивания последовательностей генов 16S рРНК в инструменте идентификации микроорганизмов. Поэтому значения, полученные с использованием EzBioCloud и TaxonDC, иногда могут не совпадать. На данный момент нам не известны детали нового алгоритма выравнивания.
- В базе данных EzBioCloud некоторые последовательности обрезаны по концам. Поэтому последовательности генов 16S рРНК, извлеченные из EzBioCloud, могут быть короче, чем из базы данных GenBank.
- В базе данных EzBioCloud в некоторых случаях представлены последовательности генов 16S рРНК, извлеченные из геномных сборок, а не оригинальные последовательности, полученные методом Сэнгера. Они не всегда могут быть одинаковыми.
- TaxonDC проверяет наличие обновлений при каждом запуске.
Как использовать
Загрузите соответствующий архив, распакуйте, запустите TaxonDC.
Программа тестировалась на Windows XP, Windows 7 (32/64 бит), Windows 10 (64 бит), openSUSE 15.0, Ubuntu 16.04, Ubuntu 18.04. Ваши вопросы и предложения присылайте на почту sergey@tarlachkov.ru.
Цитирование программы
Tarlachkov S.V., Starodumova I.P. (2017) TaxonDC: calculating the similarity value of the 16S rRNA gene sequences of prokaryotes or ITS regions of fungi. Journal of Bioinformatics and Genomics (JBG). 3(5). DOI:10.18454/jbg.2017.3.5.1
Скриншоты
